1、導致微生物脫水死亡。
鹽濃度較高的情況下，滲透壓的變化是主因。細菌的內部是一個半封閉的環境，必須與外部環境發生對其有利的物質與能量的交換才能維持其生命活性，但是也必須阻止絕大部分的外界物質進入，以避免對其內部的生物化學反應的干擾與阻撓。
鹽濃度增加，導致細菌內部溶液濃度低于外界，又因為水從低濃度向高濃度移動的特性，導致細菌體內水分大量流失引起其內部生物化學反應環境變化，最終破壞其生物化學反應進程直至中斷，菌體死亡。
2、使微生物物質吸收過程受干擾阻斷死亡。
細胞膜有選擇透過的特性，以過濾對細菌生命活動有害的物質，吸收對其生命活動有益的物質。而這個吸收過程受外部環境的溶液濃度，物質純度等情況直接影響，而鹽的加入導致細菌的吸收環境受到干擾或者阻斷，最終引起細菌生命活性受到抑制甚至死亡。這種情況因細菌個體情況，品種情況，鹽的種類及鹽的濃度差異較大。
3、使微生物中毒死亡。
有些鹽會隨著細菌的生命活動進入細菌內部，破壞其內部的生物化學反應進程，有些會與細菌的細胞膜發生作用，導致其性質轉變而不再起到保護作用或者不再能吸收某些對細菌有益的物質，進而導致細菌的生命活性受到抑制或者菌體死亡。其中以重金屬鹽為代表，一些殺菌方法既是利用此原理。
研究表明，高鹽度對生化處理的影響主要體現在以下幾個方面：
1、隨著鹽度的升高，活性污泥的生長受到影響。其生長曲線的變化表現在：適應期變長;對數增長期的生長速度變慢;減速生長期的歷時變長。
2、鹽度加強了微生物的呼吸作用和細胞的溶胞作用。
3、鹽度降低了有機物的可生物降解性和可降解程度。使有機物的去除率和降解速率下降。
高鹽廢水如何生化處理?
1、活性污泥的馴化
在鹽度小于2g/L條件下，可通過馴化處理含鹽污水。通過逐步提高生化進水鹽分，微生物會通過自身的滲透壓調節機制來平衡細胞內的滲透壓或保護細胞內的原生質，這些調節機制包括聚集低分子量物質來形成新的胞外保護層，調節自身的代謝途徑，改變基因組成等因此，正?；钚晕勰嗫梢栽谝欢}分濃度范圍內通過一定時間的馴化處理高鹽廢水，雖然活性污泥通過馴化可以提高系統耐鹽范圍，提高系統的處理效率，但是，馴化活性污泥中的微生物對鹽分的耐受范圍有限，而且對環境的變化敏感。當氯離子環境突然變化時，微生物的適應性會立刻消失.馴化只是微生物適應環境的暫時生理調整，不具有遺傳特性。這種適應性的敏感對污水處理的很不利。
活性污泥的馴化時間一般為7-10d，馴化可提高污泥微生物對鹽濃度的耐受程度，馴化初期活性污泥濃度減少，是由于鹽溶液的增加對微生物產生毒害，使部分微生物死亡，表現為負增長，在馴化后期適應了改環境的微生物開始繁殖，故活性污泥濃度增多。以1.5%、2.5%的氯化鈉溶液中活性污泥對COD的去除情況為例，馴化初期與馴化后期COD去除率分別為：60%、80%和40%、60%。
2、稀釋進水
，蒸發器廠家為降低進生化系統鹽分的濃度，可將進水進行稀釋，使鹽分低于毒域值，生物處理就不會受到抑制。它的優點是方法簡單，易于操作和管理;缺點是增加了處理規模、基建投資和運行費用。
3、選擇耐鹽菌
耐鹽菌是一種可以耐受高濃度鹽分的細菌的總稱，工業中多為篩選富集的專性菌種，目前最高鹽分可以耐受5%左右可以穩定運行，也算是一種高鹽廢水的一種處理生化手段!
4、選擇合理的工藝流程
針對不同濃度的氯離子含量選擇不同的處理流程，適當選擇厭氧工藝流程來降低后序好氧段的耐受氯離子濃度的范圍。
在鹽度大于5g/L時，蒸發濃縮除鹽是最經濟也是最有效的可行辦法。其它的方法如培養含鹽菌等的方法都存在工業實踐難以運行的問題。
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